生物质锅炉除尘器烟气处理采用旋风除尘+布袋除尘器+气力输灰设备基本形式。秸秆不可能在锅炉内 燃烧，在袋式除尘器前设置旋风分离器作为燃烧沉降室。生物质锅炉除尘器综合了分室反吹和脉冲喷吹清灰等诸类除尘器的优点，克服了分室反吹清灰强度不够、脉冲喷吹清灰与过滤同时进行会产生粉尘再吸附现象的缺点。
生物质锅炉袋式除尘器设计的合理与否,直接关系到除尘效率的高低,生产工况是否正常,设备运行是否、 及滤袋使用寿命的长短。
1.旋风除尘的设计。旋风除尘器可捕集颗粒径为5μm以上的粉尘，允许 高含尘浓度为1000g/m3, 高温度450℃,气流速度 12～20m/s,阻力损失588pa～1960pa，除尘效率50%～90%。流场模型试验研究表明，以螺壳形结构的入口性能较好。螺壳与筒体相切面角 度以气流旋转180°后，与筒体外缘相切。在下部气力输灰系统不正常工作时，为防止积灰导致除尘器内部流场遭到破坏，旋风除尘器灰斗下部增加一旁路下灰 口，在仓泵输灰装置故障后使用旁路下灰，旁路管上设置手动闸板及卸灰阀。旋风除尘器主要的磨损部位分布在蜗壳入口处和锥体下半部，有渗硼法、涂料法、 内衬法及用材料制作除尘器等四种方法，设计选用龟甲网内衬法提高。
2.保护系统的设计。生物质锅炉除尘器在锅炉出现异常情况时， 对除尘器设置旁路进行保护。旁路通常有两种，一种采用外置旁路形式，另一种采用内置旁路形式。在旁路接入口设气动提升阀或电动执行机构，并纳入自动控制系统和手动启闭。旁路风门的阀板要求密封，关闭时要求做到零泄漏。除尘系统设置旁路管道，在锅炉投油、烟温异常等状态下使烟气经旁路管道排放而不经过滤袋，从而地保护除尘器。同时，除尘器配置了预喷涂装置（管道喷粉装置），用于预喷涂时对除尘器滤袋的保护。
3.电气控制方面的设计。针对生物质锅炉除尘器使用特点, 整套除尘器设置了差压计、温度检测仪表用于设备的控制、在线检测和保护。旋风除尘器及袋式除尘器灰斗部分设置电加热装置，在灰斗设温度测点。当灰斗壁面温度高于设计值（可调）时自动关闭电加热装置，而当低于设定温度时再自动打开电加热装置。系统采用PLC进行自动控制，设置差压及定时清灰控制方式并设有压力、温度、料位等检测报警功能。生物质锅炉除尘器设置烟气温度在线检测装置，当烟气温度过高或过低，超过预设报警值时，自动打开旁路系统阀门排放烟气，保护滤袋。仓泵启动采用称重输灰方式，提高了压缩空气的利用率，同时减少了设备磨损。
生物质锅炉除尘器具有占地面积 小、运行稳定、性能稳定、滤袋使用寿命长、除尘、维修方便等特点，广泛应用于各种大小立式锅炉及电力锅炉行业的消烟除尘。
